Cinque erano i sacerdoti alla data della morte di San Giuseppe Marello nel 1895, poiché ai quattro della prima ora, già nominati, si era aggiunto don Giovanni Ambrogio. Ma nel 1896, giungeva al sacerdozio Pietro Bianco (fratel Lino), che sarà il secondo superiore generale della Congregazione. Nel 1897, venivano ordinati Giacomo Rabino (fratel Paolo), Giovanni Battista Pasquero (fratel Casimiro), Natale Brusasco (fratel Anastasio), Luigi Garberoglio (fratel Patrizio), che sarà il terzo superiore generale della Congregazione, Giacomo Rivellino (fratel Alfonso), Giuseppe Martini (fratel Pietro), Antonio Mazzetti (fratel Immacolato). Con la crescita dei sacerdoti, aumentava anche il numero dei Fratelli, dei Chierici studenti e dei Novizi. Era naturale che don Cortona, che aveva preso in mano le redini della Congregazione dopo la morte del Fondatore, poteva ormai disporre di un certo numero di Confratelli per rilanciare la Congregazione nei campi di apostolato che San Giuseppe Marello aveva assegnato agli Oblati di San Giuseppe.
Nel 1897, si ha notizia delle prime “Adunanze del Consiglio di Casa di S. Chiara”, intendendo con questo nome la intera Congregazione, che ancora era ristretta nella casa di Asti e in quella di Frinco. Il primo organo direttivo era composto da don Cortona, come superiore, Don Giovanni Medico, economo, don Vincenzo Baratta e don Enrico Carandino, consiglieri. Tra il 1899 e il 1900, vi fu un salto non solo di secolo ma anche di impostazione giuridica per la Congregazione: nel settembre 1899 cominciava un vero Noviziato canonico e il 18 marzo 1900, la Congregazione diventava di diritto diocesano con la prima emissione dei voti religiosi. In quell’anno, i sacerdoti erano 20, i chierici studenti 24, i fratelli 13, i novizi 22 in due classi unite. La grande casa di Santa Chiara, unita a quella di Frinco, contenevano 342 persone.
La nomina di don Cortona a primo Rettor Maggiore della Congregazione ratificava, in pratica, l’ufficio che egli svolgeva, per volontà di mons. Ronco, fin dal 1895. Ora si trattava di una nomina canonica, a norma delle Costituzioni approvate in quel medesimo anno, secondo cui il Rettor Maggiore rimaneva in carica 12 anni. L’esperienza che don Cortona si era fatta negli anni precedenti, a contatto con il Fondatore Marello e poi da solo, costituiva una garanzia di stabilità e di continuità e, sotto questo aspetto, la Congregazione gli deve riconoscenza, perché ha saputo dirigerla con grande amore ed estenderla in Italia e all’estero, sempre sostenuto da grande pietà e zelo. Non mancò qualche difficoltà fin dal principio. Un sacerdote ordinato nel 1897, Antonio Mazzetti, coltivava l’aspirazione di essere nominato superiore generale e se ne uscì di Congregazione. Qualche altro, che non fu ammesso subito ai voti religiosi, fece altrettanto per protesta. Ma l’insieme dei membri rimase fedele alla Congregazione e mise in pratica subito quel grande apostolato verso la gioventù, che rese nota e apprezzata la Congregazione nei primi decenni del secolo XX. Molti Vescovi chiesero l’aiuto degli Oblati di San Giuseppe per la cura degli oratori parrocchiali e interparrocchiali. Gli Oblati risposero positivamente e trasferirono ovunque i metodi che avevano appreso presso l’Oratorio di San Giovanni in Asti. Anche grandi nomi del laicato cattolico furono conquistati dal loro zelo e si misero a proteggerli e invocarne l’aiuto. Il conte Ernesto Lombardo, imprenditore e costruttore della Università Cattolica di Milano sotto la guida del P. Gemelli, prese a benvolere don Cortona e la Congregazione e con molte lettere, e visite in Asti, ottenne l’ apertura dell’oratorio di Salò sul lago di Garda. Il servo di Dio prof. Giuseppe Toniolo, sociologo e fondatore delle Settimane Sociali in Italia, scrisse a don Cortona per chiedere l’aiuto degli Oblati di San Giuseppe: “Il sottoscritto, che Vostra Signoria non conoscerà, trovandosi di passaggio a fruire della larghissima ospitalità del comm. Lombardo, intese come egli sia in relazione di grande stima e di mutui servizi coi ‘Giuseppini’ di cui Ella è degnissimo e benemerito Superiore. Profittando dell’incoraggiamento dell’ottimo amico, espongo a V. S. il desiderio che, in un paese del Trevigiano (Pieve di Soligo), dove ho parenti e dove io mi reco a passarvi con la famiglia il settembre, potesse la Congregazione dei Giuseppini mandare qualche soggetto, il quale avesse cura in modo speciale della crescente gioventù popolare”.
Segni di stima verso don Cortona mostrarono anche i Papi Pio X e Benedetto XV, in occasione di varie visite che egli fece, col primo per sollecitare l’approvazione pontificia della Congregazione che arrivò nel 1909, con il secondo per chiedere la sua benedizione all’apertura delle missioni delle Filippine (1915) e poi del Brasile (1918). Il 1 aprile 1918, don Cortona scriveva: “Siamo appena tornati dalla vista al Santo Padre, che anche questa volta ci ha accolti in un’udienza particolare. Gli parlai delle proposte che abbiamo avute di aprire una nuova missione in Brasile ed il Santo Padre neppure mi lasciò finire di parlare e mi disse: ‘E’ voce di Dio, andate, questa è la volontà di Dio, che andiate. Lì incontrerete un popolo che è letteralmente abbandonato. Grazie a Dio, la fede, fino a oggi, si è conservata, ma ora è tempo che i Vescovi e il Papa, si impegnino. Se accetterete, farete una cosa molto gradita a me”. Sul finire di gennaio 1918, don Cortona aveva sottoposto al Papa il progetto dell’apertura della prima casa in Roma, e Benedetto XV “benedisse con tutto il cuore d’una benedizione speciale il Superiore e la Congregazione tutta, e si augurava dagli Oblati di San Giuseppe per la cara gioventù grandi beni spirituali” (dal diario di padre Carandino, che lo accompagnò).
La stima verso don Cortona era condivisa tra i Confratelli della Congregazione, che lo veneravano come Padre e continuatore dell’opera di San Giuseppe Marello. Molti dei nuovi professi non avevano conosciuto il Fondatore, ma vedevano in don Cortona e nei primi Oblati di San Giuseppe il medesimo spirito di umiltà e laboriosità che era nel Padre Fondatore. Certo, il carattere di don Cortona era diverso da quello del Marello, la sua cultura, il suo modo di pregare, il suo modo di comandare erano del tutto personali, ma “tutti lo sentivano come un vero Padre, anche se aveva la mano ferma e non mollava dinanzi a disordini, pigrizia o caparbietà” (p. Savino Vivaldi). Il confronto con i continuatori delle Congregazioni piemontesi dei Salesiani o dei Giuseppini del Murialdo può aiutarci a capire: il Beato Michele Rua non aveva certo il carattere di don Bosco, ma il suo polso duro e sicuro servì a completare e rassodare l’opera iniziata con tanto slancio dal Santo dei Becchi; così pure il servo di Dio don Eugenio Reffo, passando attraverso difficoltà non poche, riuscì a dare alla Congregazione dei Giuseppini fondata dal San Leonardo Murialdo una profondità di formazione e uno sviluppo di opere che oggi viene sempre più apprezzato dagli storici della Congregazione torinese. Don Cortona trattava con una “paternità... fortemente educativa, perché l’amore è il sole che feconda nei cuori tutte le buone sementi. Ma don Cortona vi aggiungeva l’esempio d’una trasparente e profonda religiosità di cui cento prediche non avrebbero potuto né uguagliare né supplire l’efficacia” (p. Savino Vivaldi).